[Zk] Bioinformatické algoritmy 8.2. 2013

Co se jinam nevejde

[Zk] Bioinformatické algoritmy 8.2. 2013

Příspěvekod Kaelthar » 10. 2. 2013 15:44

Zadání :

1) Počítání vzdálenosti mezi sekvencemi pomocí reverzí
a) Definice problému
b) Nějaký jednoduchý algoritmus
c) ImprovedBreakpointReversalSort - jak funguje a jak je dobrý

2) Použití Markovských modelů na hledání genů
a) Definice Markovského modelu
b) Použití Markovských modelů při rozhodování, zda je daná sekvence CG-ostrov

3) Máme sekvenci kde je kromě symbolů [a,c,g,t] také symbol "n", který kde není jednoznačně známo, který nukleotid tam patří (např. chyba čtení). Taková to sekvence se nazývá degenerovaná. Máme dvě sekvence, každou jinak dlouhou, sekvence v je v pořádku a sekvence w je degenerovaná. Obě jsou si hodně podobné. Nalezněte co nejefektivnější algoritmus, který pro zdegenerovaný řetězec w najde jeho nejlepší interpretaci podle řetězce v tak, aby jejich globální alignment byl maximální.

Průběh zkoušky :

Zkoušející rozdal zadání a pak čekal kdo skončí. Když mu přinesete papír s řešením, opraví ho a ukáže vám co je špatně a co máte doplnit, popřípadě dá i menší nápovědu.
Kaelthar
Matfyz(ák|ačka) level I
 
Příspěvky: 10
Registrován: 29. 1. 2013 22:55
Typ studia: Informatika Mgr.

Zpět na Ostatní

Kdo je online

Uživatelé procházející toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 1 návštěvník

cron