[NTIN084] Bioinformatické algoritmy - 25. 1. 2018 - Zk

Co se jinam nevejde
Kalthar
Matfyz(ák|ačka) level I
Příspěvky: 6
Registrován: 5. 10. 2014 10:28
Typ studia: Informatika Mgr.

[NTIN084] Bioinformatické algoritmy - 25. 1. 2018 - Zk

Příspěvek od Kalthar »

Na zkoušce jsme byli 2 - já a zahraniční student. Mráz nám rozdal oběma stejné zadání obdobně jako v minulých letech. Zadání bylo obdobné roku 2015.

Otázky:
  • Motif finding
  • Global alignment
  • Fitting problem
Motif finding - napsat definici + typy algoritmu + popsat Projekcni algoritmus

Napsal jsem vše na cca 1.5 strany - typy jsem jen vyjmenoval, definici jsem dal tu co má jako popis problému (vstup, výstup, ... - je fajn popsat co které parametry znamenají), projekční algoritmus ho zajímal velmi a to včetně EM a jak zhruba funguje - tam jsem měl trochu mezery ale společně jsme to vymysleli.

Global alignment - definice + N-W algoritmus + jak se sestavuji hodnotici tabulky (to jsou takove ty BLOSUM/PAM)

Napsal jsem definici stejně jako u Motif finding, N-W jsem popsal zběžně, pak se doptával a já mu vše co ho zajímalo dořekl - byl s tím spokojen :).
Pohořel jsem na tabulkách - totálně jsem se zamotal a popletl všechno se vším. Vysvětlil mi znovu jak to vlastně funguje.

Fitting problem - máme jednu dlouhou sekvenci a druhou kratší a chceme zjistit, které části delší sekvence se podobá celá ta kratší sekvence - tedy děláme něco mezi lokálním a globálním alignmentem.

To jsem měl celé dobře, byl spokojený.

Celkově mi dal za 1, což jsem byl trochu překvapen. Velmi milá zkouška.
Odpovědět

Zpět na „Ostatní“