[NTIN084] Bioinformaticke algoritmy - 23.1.2015

Co se jinam nevejde

[NTIN084] Bioinformaticke algoritmy - 23.1.2015

Příspěvekod pesha » 23. 1. 2015 17:09

Za cerstva dojmy z dnesni zkousky.

Otazky dle predchozich let celkem ocekavane, tedy:
1) Motif finding - napsat definici + typy algoritmu (napsal jsem tam kratke popisy vsech probiranych algoritmu, coz mi pochvalil) + popsat Projekcni algoritmus (trochu mi trvalo, nez jsem presne vysvetlil hledani k pozic z motivu, zbytek jsem mel +/- dobre, ten prvni krok hashovani chtel trochu podrobneji, motif refinement asi stacilo napsat, ze se to resi Expectation-Maximizationem)
2) Globalni aligment - definice + N-W algoritmus + jak se sestavuji hodnotici tabulky (to jsou takove ty BLOSUM/PAM atd; na tomhle jsem pohorel nejvic - stacilo mu nicmene popsat takovy to nejjednodussi kde se ACGT ohodnoti p-stmi a do radku matice se da vsude Alfa krom diagonaly, kde je 1 - 3Alfa a jak se z toho dostane ta tabulka - jednoduse zlogaritmovanim, a pak to zaoukrouhlit)
3) Uloha na vyplneni tabulky pro lokalni alignment pomoci S-W - trivialni, nicmene prekoukl jsem se a nejdriv jsem si to spocital pro spatny penalizace, pak jsem to opravoval a jak jsem to preskrtaval, tak jsem se prekoukl a prehledl maximum (takze jsem vysedek rekl spatne), nicmene nechal me se opravit a s komentarem, ze jsem ho presvedcil, ze vim co delam, mi to ani nepocital jako chybu


Moje postrehy:
- na terminu jsme byli tri, ja odchazel jako posledni, a trvalo to 2,5 hodiny
- zadani bylo pro vsechny stejne
- prubeh je klasicky - dostanete papir, pisete co vite, az to mate hotovy, dr. Mraz si k vam sedne a projde to a doptava se na to, co neni jasne (prip. vas necha to doplnit), cas neomezen
- dr. Mraz je hodny zkousejici, prijde mi, ze se ridi mottem "chytremu napovez, hloupeho trkni", takze pokud neco vite, tak se vas sikovnymi otazkami pokousi navezt tak, abyste mu rekli vse, co chce slyset a mohl vam dat co nejlepsi znamku
- ja to mel mezi jednickou a dvojkou, dovyptaval se me jeste na nejaky veci, ktery ze me uz musel hodne tahat, ale nakonec mi dal jednicku (ja sam bych si asi dal spis dvojku)
- pravdou je, ze jsem se ucil na moje pomery celkem dost + jsem i chodil na prednasky, vysledkem cehoz mi zkouska neprisla nijak tezka, ale staci nevedet jedno zasadnejsi tema/algoritmus (treba projekcni), a hned budete mit pri zkousce problem
- jako nejlepsi material pro uceni vidim urcite slidy k prednasce
pesha
Matfyz(ák|ačka) level I
 
Příspěvky: 1
Registrován: 12. 6. 2012 16:19
Typ studia: Informatika Bc.

Zpět na Ostatní

Kdo je online

Uživatelé procházející toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 1 návštěvník

cron