14.01.2015 - Bioinformatické algoritmy

Co se jinam nevejde

14.01.2015 - Bioinformatické algoritmy

Příspěvekod Davpe » 15. 1. 2015 20:38

Domácí úkoly byly postupně opravovány předešlou noc. Před zkouškou byly prezentace a nakonec z nich každý měl cca 12 - 15 bodů (15 bylo maximum).

Zadání:

1) Restrikční mapování : definice, příklady (PDP, DDP, SPDP), důkaz NP-úplnosti DDP

2) Lokální alignment: definice, algoritmus, heslovitě možná vylepšení

3) Fitting problém (zadání už tu někde je)

U lokálního alignmentu pozor na definici alignmentu (do obou posloupností strkám všemi způsoby mezery tak aby by ani jedna "nepřečuhovala"). Možné vylepšení chtěl ten backtracking který najde ten alignment v lineárním prostoru pomocí rozděl a panuj. Na slajdech je ovšem tohle pro globální alignment, pro lokální musím ještě zjistit jak najít levý horní roh toho čtverce...nakonec to chtěl víc než jen heslovitě.
Třetí úlohu jsem neměl vůbec a přestože jsem měl ty první dvě tak docela odfláknuté tak mi je uznal na plný počet - 40% a díky bodům z cvičení jsem se vlezl s přehledem do dvojky. Byť byl docela nešťastný že mi ji dává (všichni ostatní dostali jedničky a s každým z nás si docela dlouho povídal).
Jo a zjistili jsme že nikdo z nás nepochopil ty heuristiky BLASTA a FASTA...tak možná nemá ani cenu se to učit :D
Uživatelský avatar
Davpe
Matfyz(ák|ačka) level II
 
Příspěvky: 98
Registrován: 22. 9. 2010 15:07
Typ studia: Informatika Bc.
Login do SIS: pegrimed

Zpět na Ostatní

Kdo je online

Uživatelé procházející toto fórum: Žádní registrovaní uživatelé a 1 návštěvník