14.01.2015 - Bioinformatické algoritmy

Odeslat odpověď

Smajlíci
:D :) :( :o :shock: :? 8) :lol: :x :P :oops: :cry: :evil: :twisted: :roll: :wink: :!: :?: :idea: :arrow: :| :mrgreen:

BBCode je zapnutý
[img] je zapnutý
[flash] je vypnutý
[url] je zapnuté
Smajlíci jsou zapnutí

Přehled tématu
   

Rozšířit náhled Přehled tématu: 14.01.2015 - Bioinformatické algoritmy

14.01.2015 - Bioinformatické algoritmy

od Davpe » 15. 1. 2015 20:38

Domácí úkoly byly postupně opravovány předešlou noc. Před zkouškou byly prezentace a nakonec z nich každý měl cca 12 - 15 bodů (15 bylo maximum).

Zadání:

1) Restrikční mapování : definice, příklady (PDP, DDP, SPDP), důkaz NP-úplnosti DDP

2) Lokální alignment: definice, algoritmus, heslovitě možná vylepšení

3) Fitting problém (zadání už tu někde je)

U lokálního alignmentu pozor na definici alignmentu (do obou posloupností strkám všemi způsoby mezery tak aby by ani jedna "nepřečuhovala"). Možné vylepšení chtěl ten backtracking který najde ten alignment v lineárním prostoru pomocí rozděl a panuj. Na slajdech je ovšem tohle pro globální alignment, pro lokální musím ještě zjistit jak najít levý horní roh toho čtverce...nakonec to chtěl víc než jen heslovitě.
Třetí úlohu jsem neměl vůbec a přestože jsem měl ty první dvě tak docela odfláknuté tak mi je uznal na plný počet - 40% a díky bodům z cvičení jsem se vlezl s přehledem do dvojky. Byť byl docela nešťastný že mi ji dává (všichni ostatní dostali jedničky a s každým z nás si docela dlouho povídal).
Jo a zjistili jsme že nikdo z nás nepochopil ty heuristiky BLASTA a FASTA...tak možná nemá ani cenu se to učit :D

Nahoru