od peci1 » 26. 1. 2013 13:39
Ahoj, tak zadani zkousky bylo asi nasledujici:
- Gibbs - jen popis algoritmu
- Projekcni algoritmus - popis a nejake povidani o tom, jak urcit k, m, s (ale urcite to nechtel moc dopodrobna)
- Globalni alignment - definice, algoritmus, slozitost.
- Uloha. Mame sekvenci DNA a sekvenci RNA po splicingu (tj. bez intronu), obe maji reprezentovat stejny gen. Najdete algoritmus, ktery tu RNA sekvenci zarovna vuci DNA s minimalnim poctem der (protoze pak diry budou odpovidat intronum a my se celkem zadarmo dozvime intron/exon strukturu te sekvence DNA).
Posledni uloha se dala resit jednoduchou upravou affine-gap globalniho zarovnani. Taky to nechtel vysvetlovat moc dopodrobna.
Ahoj, tak zadani zkousky bylo asi nasledujici:
[list]
[*] Gibbs - jen popis algoritmu
[*] Projekcni algoritmus - popis a nejake povidani o tom, jak urcit k, m, s (ale urcite to nechtel moc dopodrobna)
[*] Globalni alignment - definice, algoritmus, slozitost.
[*] Uloha. Mame sekvenci DNA a sekvenci RNA po splicingu (tj. bez intronu), obe maji reprezentovat stejny gen. Najdete algoritmus, ktery tu RNA sekvenci zarovna vuci DNA s minimalnim poctem der (protoze pak diry budou odpovidat intronum a my se celkem zadarmo dozvime intron/exon strukturu te sekvence DNA).[/list]
Posledni uloha se dala resit jednoduchou upravou affine-gap globalniho zarovnani. Taky to nechtel vysvetlovat moc dopodrobna.